Nazwa Bączal pochodzi najprawdopodobniej od strumyka o nazwie "Bączałka" przepływającego przez centrum wioski lub od nazwiska (imienia) Bączał. Bączal Dolny i Górny to wsie założone przez króla Kazimierza Wielkiego około lat 1370-1378. Pierwsza pisemna wzmianka o Bączalu pochodzi z 1124 roku (dokument nadania ziemi benedyktynom z Tyńca), a kolejna z 1396 r. W 1595 roku wieś Bączal Niżny położona w powiecie bieckim województwa krakowskiego była własnością starosty olsztyńskiego Joachima Ocieskiego. W XVII w. Bączal Dolny był nazywany Bączalem Niższym, a Bączal Górny Bączalem Wyższym – obie wsie były wsiami rycerskimi, a następnie szlacheckimi. Istniał również Bączal Opata (własność Opatów Tynieckich) – obecnie Opacie. Parafia w Bączalu powstała najprawdopodobniej już pod koniec XIII w. jednak pierwsza wzmianka pochodzi z 1348 roku. Prawdopodobnie istniał tu jeszcze starszy kościół (niewielki drewniany kościółek wybudowany ok. 1400 r.) niż gotycki wybudowany w 1667 roku, o którym wspomina polski kronikarz i historyk Jan Długosz w swojej księdze "Liber beneficiorum". Niestety został doszczętnie zniszczony.
W latach 1954–1961 istniała tu gromada Bączal Dolny, czyli najmniejsza jednostka podziału terytorialnego Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej z siedzibą GRN w Bączalu Dolnym; w skład gromady wchodziły również dwie inne wsie, tj. Bączal Górny i Opacie.
Od 2008 roku miejscowość znajduje się na trasie górskiego maratonu rowerowego – Cyklokarpaty, a od 2011 także na trasie Biegu Pamięci senatora Stanisława Zająca, który zginął w katastrofie smoleńskiej 10 IV 2010 roku.
Po II wojnie światowej miejscowość należała administracyjnie do województwa krakowskiego (1945), rzeszowskiego – powiat jasielski (1945–1974), krośnieńskiego (1975–1998) i aktualnie do woj. podkarpackiego – powiat jasielski (od 1998).
